工资由两家公司发放存在法律风险，以下举例说明：
1、税务风险：若两家公司发放的工资未合并计算个税，员工可能面临补税、罚款及滞纳金。例如，员工小王在A公司月工资8000元、B公司月工资7000元，两家公司均单独代扣代缴个税，但小王未自行合并申报，税务检查时需补缴税款并缴纳罚款和滞纳金。
2、社保权益受损风险：公司若通过分开发放工资降低社保缴纳基数，会影响员工社保福利。比如，员工小李实际月工资15000元，公司拆分为两家各发7500元，以7500元为基数缴纳社保，导致其养老保险、医疗保险等待遇降低。
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工资由两家公司发放时，需避免以下常见错误操作：
1、忽视工资总额与合同约定是否一致：部分员工收到分开发放的工资后，未核对总额是否与劳动合同约定相符，可能导致劳动报酬被克扣却未察觉。
2、不关注个税和社保缴纳情况：员工可能未意识到分开发放的工资需合并计算个税，也不清楚社保缴纳基数应以实际工资总额为依据，从而面临税务风险和社保权益受损。
3、未妥善保留工资发放证据：部分员工不重视工资条、银行流水等证据的保存，与公司发生工资争议时，可能因无法提供有效证据而难以维权。
若在工资分开发放过程中遇到上述问题，建议及时联系我，我将为您提供解答，避免合法权益进一步受损。
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工资由两家公司发放的处理，还需考虑特殊情况或例外情形：
1、公司有合理财务管理需要：若公司因业务板块划分、项目独立核算等合理财务原因，由两家公司分开发放工资，且已依法合并计算个税、足额缴纳社保，不影响员工合法权益，此时工资分开发放合法，无需认定为违法。
2、员工同意分开发放工资：若员工因个人原因（如方便资金管理等）同意公司分开发放工资，且双方达成书面协议，同时公司依法履行个税和社保缴纳义务，这种情形下工资发放行为通常会被认可，处理时需尊重双方约定，但协议内容不得违反法律法规强制性规定。
3、其中一家公司未依法代扣代缴个税：若两家公司发放工资时，其中一家未履行代扣代缴个税义务，个人需自行申报。这种情况会影响工资发放的税务合规性，个人若未自行申报将面临税务风险，处理时需重点关注个税的申报和缴纳情况。
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工资由两家公司发放是否违法，需结合具体情况判断合法性：
工资分开发放的合法性需视具体情形而定：
1、若公司分开发放工资是为了规避税收或社保缴纳，属于不合法行为。
2、若公司出于合理财务管理需要，且不影响员工合法权益，可能被认定为合法。
3、若两家公司分开发放工资却未合并计算个税，属于不合法行为。

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